La Junta de Administración Portuaria y de Desarrollo Económico de la Vertiente Atlántica (JAPDEVA), se crea en 1963, como ente autónomo del Estado encargado de construir y administrar la canalización de los canales de Tortuguero hasta Colorado, administrar las tierras y bienes otorgados por ley, y vigilar los contratos del Estado sobre servicios portuarios y ferroviarios. Simultáneamente en 1963 en el Ministerio de Transporte se organiza una Dirección General de Obras Portuarias y Fluviales, a cuyo cargo quedan la construcción, mantenimiento y mejoramiento de los puertos de altura, los de cabotaje y las vías fluviales.

En 1966 JAPDEVA inició sus actividades en el dominio portuario, al hacerse cargo del Muelle Nacional que le transfirió el MOPT.

En 1969 la Northen Railway Co. Transfiere a JAPDEVA el Muelle Metálico. Simultáneamente el MOPT construye el Muelle 70, y se lo transfiere a JAPDEVA. En 1972 le transfiere el ferrocarril.

En 1977, el Estado decretó la intervención de los ferrocarriles del Atlántico y del Pacífico, y los separó de las instituciones autónomas portuarias, debido que la administración conjunta de puerto y ferrocarril, generaba problemas que repercutían negativamente en la economía del servicio portuario y en su desarrollo.

La inversión del Estado en infraestructura portuaria durante más de 65 años, mantuvo un enorme rezago, hasta que en 1970 entra en operación un nuevo muelle, denominado "Muelle 70", el cual fue contratado a una empresa mejicana. Este muelle tiene una longitud de 320 m. de largo por 17 m. de ancho.

En 1976 la Refinadora Costarricense de Petróleo (RECOPE), inicia la construcción de un muelle para la importación de crudo y sus derivados, la obra se puso en servicio en 1981. A pesar de ser proyectada originalmente como una terminal petrolera, al establecerse el Plan Nacional de Desarrollo Portuario, se analizaron las posibilidades del nuevo puerto, y se modificaron los objetivos iniciales. Finalmente se crea Moín, como un puerto multipropósito, que permite operaciones de carga de banano, fertilizantes, combustibles, jugo de naranja y otros.

En 1977 comenzó la construcción de la terminal de contenedores de Limón, conocida como "Muelle Alemán", la cual se inauguró en 1981. Consta de 450 m. de longitud y 130 m. de ancho, tiene un área de 7,5 Ha., posee una rampa Ro-Ro y 2 puestos de atraque.

En 1994 se amplía el puesto 5-5 en 55 m. Dadas las necesidades de ampliación, en el 2001 se agrandó en 5 Ha. el área de almacenamiento de contenedores en la terminal de Moín.

En vista del crecimiento en la actividad turística, en el 2002 entra en operación el muelle de Cruceros en la terminal de Limón, el cual consta de 1 rampa ro-ro y 2 puestos para cruceros.

En el 2004 se inaugura en Moín el puesto 5-6, o muelle Multipropósito, conocido como muelle Taiwanés. Este puesto tiene una longitud de 250 m.

Marco legal JAPDEVA:

La Junta de Administración Portuaria y de Desarrollo Económica de la Vertiente Atlántica, denominada JAPDEVA, fue creada mediante la Ley Nº 3091 del 18 de febrero de 1963, reformada en la Ley Nº.5337 del 9 de agosto de 1973. Como ente Autónomo del Estado, con carácter de Empresa de utilidad pública que asumirá las prerrogativas y funciones de Autoridad Portuaria, que se encargará de construir, administrar, conservar y operar el puerto actual de Limón y su extensión a Cieneguita, así como el puerto de Moín, y otros puertos marítimos y fluviales de la Vertiente Atlántica.